この質問は、自己解決いたしました。
「Enigma Virtual Box」にて
「Game_boxed.exe」制作後
閉じようとする際の
「Do you want to save changes to project?」
の質問に「yes」を押すと
Enigma Virtual Boxでの作業状態を
Enigma Virtual Box独特の形式のファイルに保存できるようです。
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（自己解決前の質問）
ディベロプメントで作成したフォルダ内の多くのファイルを、まとめてしまうために
「Enigma Virtual Box」で「Process」を実行し
「Game_boxed.exe」を作った後
「Enigma Virtual Box」を閉じようとすると
「Do you want to save changes to project?」
と書かれたウィンドウが出てくるのですが
そこで「no」を選択しています。
日本語で言うと「変更を保存しますか」のようですが
本当にそうなのか、よくわからなかったため
変に変更が加わると怖いと思う 「no」を選んでいます。
ここを「yes」にしないと
エラーなどもトラブルが起きるでしょうか？
よろしくお願いいたします。
＊試してみて、おかしな事になったら恐いので
試す前に、質問させていただきました。