書かれている通りにイベントを組んでみましたが、問題なく動いているようです。
何か他の並列イベント等で変数を書き換えてしまっていたりしませんか？

確かに不可解な挙動ですね…
とりあえず、\!の後ろに半角スペース1文字入れたら
見た目上はご期待の挙動になると思います。

オプションのウインドウを非表示にしている部分はココとはまったく関係ない場所なので、
何か別件で書き換えを行ったりしてませんか？

tago さんが書きました:デフォルトのウインドウに戻ってしまい、背景画像が反映されません。

AltMenuScreen3のプラグイン、エラーになってませんか？

bgBitmapMenuとありますけど、オプション画面でメニュー画面用の画像を表示したいのでしょうか？

rpg_windows.jsの2711行目がそれになります。
オプション内のすべてのON/OFFに関わりますので、
「常時ダッシュ」のみ変えたいとなると、一手間必要です。

歩行キャラ画像のサイズはもともと自由です。48×48という制限はありません。
48×96サイズのキャラを横3×縦4に並べた画像を作成し、ファイル名の頭に「$」を付けてください。（$character.pngなど）
それを普通に歩行キャラ画像として設定すれば、できると思います。

このＮ番目がＯＮになっているかの判定をしたいので ～～～～　N M のような命令でN番目がONかOFFかを、変数かスイッチのM番目に格納できでばよいと思っています。 NとかMは変数化しなくても、とりあえずは命令文の中で固定値でも大丈夫です。 横から失礼します。 ■登録状態を変数に格納する（登録ナシ：0、登録アリ：1） $gameVariables.setValue(M, $gameSystem.pictureGalleryList()[N] ? 1 : 0); ■登録状態をスイッチに格納する（登録ナシ：OFF、登録アリ：ON） $gameSwitches.setValue(M, !!$gam...

注釈に<Move_With_Player>と記述する以外に必要なことはないはずです。
こちらではそれで動きました。
あと確認するとすれば、

・MVが最新（1.3.4）かどうか
・一緒に導入している他のプラグインの影響かどうか（このプラグイン以外全てOFFにして動くか）

くらいしか思いつきません…。

とりあえず、ピクチャをウインドウよりも手前に表示するプラグインを作成しました。
メッセージ表示に特化したものではありませんので、使い勝手はご期待に添えるものではないと思いますが、
もしそういうものを求められる場合は他の方にお願いします。