10ターン目に付加したステートが15ターン目のイベント実行時にはまだ切れておらず、
実行後にちょうど切れた、とかじゃないですかね？

Gacha.jsのほう、Scene_Menu.prototype.update.call(this);となっている箇所がありますが、
これは間違った記述であり、それが原因でエラーになっています。
以下のように修正してください。

Scene_MenuBase.prototype.update.call(this);

引数の変数指定が正しく機能していなかったため、修正しました。

修正しました。

すいません。修正しました。

ざっくり作りました。プラグインとしての体裁はまったく整えていません。
ファイル名は仮に「plugin.js」としていますが、この名前を内部で使用してはいないので、お好きなファイル名に変更してください。
フェード時間は一番上にある「fadeDuration」の値で変更できます。

このプラグインに関しては、利用規約等は一切設けないので、ご自由にお使い下さい。

「Scene_Map.prototype.startEncounterEffect」と「Scene_Battle.prototype.startFadeIn」を何もしないようにすれば、
ご期待の動作になるのではないかと思います。

プラグインにするなら、以下のような感じで。

他のコモンイベントの内容がわからないので想像で答えますが…
選択肢消去あたりに、キー入力判定のトリガーになっている12番スイッチをOFFにする処理が入ってませんか？
並列コモンイベントは、トリガースイッチがOFFになった状態でウェイトが入ると、
その時点で処理をやめてしまいます（ウェイトの後の処理を行わなくなる）。
見当違いでしたらすいません。

なお、並列コモンイベント中にマップ移動をすると移動後の処理が行われない件については
まっつUPさんのおっしゃられている通りですが、それを回避する簡単なプラグインを作ってみました。
ヘルプも何もありません。導入してONにするだけで効果を発揮します。

状況がよくわからないので、実際のイベント指定内容と
期待する結果を提示して頂けないでしょうか？

エラー内容で検索したところ、ツクールMVについての記事が見つかりました。
http://qiita.com/rinne_grid/items/be6b7ab23267f45ace09