デフォルトでは戦闘終了時のタイミングでバトルイベントは発生させられません。
なのでUSKLaboというサイトにある共有バトルイベント＆戦闘終了時バトルイベントというスクリプトはどうでしょうか。
わたしはVXメインなので使った事はありませんが見た感じ多分これでいけるかなと思います。
一緒にくっついている共有バトルイベントもかなり便利です。

戦闘回数を取得した場合ゲーム全体での回数になります。 なので敵毎に戦闘回数をカウントしたい場合カウントしたい敵の数だけ変数を用意して、 バトルイベントで出現する敵に対応した変数を毎回加算していけば敵毎の戦闘回数をカウントする事が出来ます。 例えばスライム用の変数とこうもり用の変数を用意して、 スライムが出て来るグループでは戦闘開始時にスライム変数を＋1 こうもりが出て来るグループでは戦闘開始時にこうもり変数を＋1 両方が出て来るグループではその両方に＋1づつ 毎回足していく感じです。 あとは先ほどのイベントの様に組んで任意の回数で発生させればOKです。 100目なら条件分岐でスライム変数が10...

一例をば。
個人的にはこういう会話イベントなら変数の方が使いやすいと思います。
組み方を少し変えれば例えば2回目からしばらくして100回目の戦闘で
またこいつかよ！
みたいな会話イベントも組みやすいです。

もしくは変数で条件分岐させて一つにまとめるのもあり、初回と二回目だけ変数を増やす感じで

変数の操作で任意の変数に能力値を代入してその変数で条件分岐をすればOKです

KAMESOFT様の旧イベントコマンド（VX専用）でピクチャにトランジジョンで様々なエフェクトをかける事が出来ました。
拙い説明でお騒がせしました。

MVのCD内にピクチャの切り替え表示というプラグイン（PictureWipe.js）があると知りました。
VXでこれと似た様なスクリプトを知らないでしょうか？
もしくはこうすればいいと言うのがあれば教えてもらえないでしょうか？
出来れば用意したトランジションの画像によって表示のされ方が変わるみたいなのが理想です。
複数用意したトランジション画像を画像名で指定するなどで色々なピクチャの表示・消去の仕方が
出来るみたいな感じです。

イベントを上から順に一つにまとめてみたら普通に動きました。
001の3ページ目に002の内容を4ページ目に004の内容を5ページ目に007の内容をコピーします。
（コピーした004と007でも試しました）
やっぱり何かの拍子に自動実行同士が干渉したりしてなかったりしてたのかもしれません。
あの組み方だと002の自動実行がひたすら動くはずなのに004が動いてましたし。
この組み方なら少なくともそれが原因で動作しない事は無いと思います。
あとまとめたイベントはコピーしても動きました。

まだ解決はしていませんが経過報告を ID：004もコピーしたものが動作しないようです。 ただなぜかコピーした004と007は自動実行ではなく並列処理にすると動作するようです。 イベント内容を変えても上記と同じ動きだったので恐らくイベント内容自体に問題がある訳では無いと思います 追記 色々試した結果上記二つのイベントををコピーした場合の 通常時と同じ動作をするパターンを見つけましたので参考になるかもと書いておきます。 １.ID:008の2ページ目を作り条件をスイッチ10がONにする（それ以外はそのまま） ２.ID：007をコピーしたイベントのトリガーを並列処理にする あと元々イベントの組み方的に...

自分も以前似た様な事がありました（自分はVXです）

１．ニューゲームではじめてもそうなるのか
２．複製する前のそのイベントがあるマップでセーブしたデータをロードしているのか


二つ目の場合マップが複製する前の状態になっているかもしれないのでマップを出入りするか、
場所移動を作る前などでそれが出来ないならニューゲームではじめて確認してみてください。
ロード後の場合スイッチがONになっているか確認してみてください。
イベントチェックした後セーブしていた場合条件を満たしていない状態になっていると思います。