背景を非表示にするのは、それぞれのウインドウの中で
this._windowBackSprite.visible = false;
とするか、
this.backOpacity = 0;
とすれば出来ると思います（未確認）。
後者は正確には非表示ではなく透明化ですが。

なお、Window_Baseはその名の通り、他のウインドウのベースですので
これの背景を非表示にしたら、すべてのウインドウの背景が非表示になってしまいます。

選択肢ではなく、シーンを自作したいということでしょうか。
だとしたら、流石にここで私が説明しきれるものではないので、申し訳ないですが他の方にお願いします…。

ちなみに、Scene_ShopはWindow_Commandを含め、8つ（正確にはダミーでもう1つ）のウインドウを組み合わせて作られています。
1つのウインドウをどうこうしても再現できるものではありませんので、そこのところ予めご理解ください。

イベントはページごとにキャラ画像を設定できますが、それで切り替える方法はダメですか？

鑑定専用の選択肢を新しく作るより、既存の選択肢ウインドウを改変して
・選択肢ウインドウの枠と背景を非表示にする
・選択肢ウインドウ表示位置を任意に設定する
というプラグインを作って、「鑑定しますか？」のメッセージに重ねるほうが
比較的簡単かと思いますが、いかがでしょうか？

下記トピックをご参照ください。
viewtopic.php?f=49&t=1236

rpg_objects.jsを「Show Text」で検索すると、
Game_Interpreter.prototype.command101という関数が見つかると思います。
それがイベントコマンド「文章の表示...」の中身ですので、そこから紐解いてみてはどうでしょう？

下記トピックをご参照下さい。
viewtopic.php?f=23&t=1752

下記トピックをご参照下さい。
viewtopic.php?f=49&t=742

マップ名は$dataMap.displayNameにあるので、スクリプトで

$dataMap.displayName = 'マップ名'

のようにすれば変更できます。
ただ、$dataMapはマップ切り替え時に読み込まれますので、場所移動を行うと
移動先に設定されたマップ名で上書きされますので、ご注意ください。

余談ですが、

SceneManager._scene._mapNameWindow.open();

というスクリプトで、好きなタイミングでマップ名を表示できます。

プラグインの改変箇所を知りたい、ということで宜しいでしょうか？
でしたら、

[改変前]
this._baseSprite.addChild(w)
↓
[改変後]
this._pictureContainer.addChild(w)

でいけると思います。