ツクマテ

これの左上の透過ってどうにもならないんですか？

MZでは、マップを描く時にレイヤー機能が使えます。
レイヤー2に描画すると下タイルが消えずに残ると思います。

レイヤーについてはこちらをどうぞ。
https://tkool.jp/mz/course/create-up/map-layer.html

タイルセットに謎の透過データが存在するが、下タイルを上書きしてしまう