そこまで行くなら、通常のスイッチを使うべきです。
セルフスイッチでないとダメな理由は何かあるのでしょうか？

手元で再現しました。
一部のテストが甘かったようです。
取り急ぎ修正作業を行います。

保存に失敗している場合、他のプラグインとの競合である可能性があります。
他のプラグインを全てOFFにした状態で再確認をお願いします。

技術的には可能だったので、TABキーやShiftキーの設定を書き換えられるようにしました。
ただし、現状では仮の実装です。
一部不具合を残していますが、これは実装内容が複雑なので、様子を見る必要があるためです。

プラグインを更新しました。
shiftキーなどに操作を割り当てたいという意見があり、技術的には可能だったので対応しました。
ただし、現状では暫定実装とし、当面は設定可能なキーの種類を限定しています。

111_InputForm.jsについてですが、それは仕様とさせてください。
文字の入力中にZで決定になると、Zの入力ができません。
また、そのプラグインはツクールのキー入力システムではなく、JavaScriptにある低レイヤーの処理を使っていると思われます。
現状の仕様は妥当だと思いますし、変更する予定はありません。

また、キーボードで文字を入力した後にゲームパッドで決定するのは想定していません。
他所のプラグインの問題なので、解決は難しいです。

Controlキー、Shiftキーなども現状では割り当て不可です。
CTRLはデバッグ用などで使われるキーであるため、シフトキーは複数回押すとWindows側の機能が呼び出されることが理由です。
割り当てると問題が生じるケースが一部考えられるため、意図的に割り当て不能にしていました。

Enterにも決定を割り当て済みです。
これについては、ツクールの初期設定をよい感じに読み取って動かしています。
Enterに割り当て済みの設定になっていますし、Enterは変更不能の設定になっています。

TABキーですが、非対応です。
これは環境次第でタブキーに操作を割り当てると不具合が生じる可能性があるというのを、他のプラグインの事例で確認しているためです。
一応技術的には可能です。

徹底した軽量化を行ったパッシブスキルプラグインです。
動きはしますが、パッシブスキル習得状況を表示する機能を省略しています。
ダウンロードや使用報告があれば対応する予定です。

具体的にどのように移動したいのでしょうか？