おっしゃる通りレイヤーマスクを用いたら綺麗に消せました！

ご助言ありがとうございました！

gimpでファジーのしきい値をギリギリまで数字を大きくし、ファジー選択＋DELキーで切り抜き、輪郭線(立ち絵の一番外側の線)の周りの消し切れなかった白い部分を消しゴムで消しています。

ですが、自分の手で消しゴムで消すと、立ち絵の差分ごとに消し残しのムラがあり、表情変化などで差分が切り替わる際、そのムラで違和感が出てしまいます。

消しゴム以外で綺麗にムラを消す方法はありますか？

みなさんはどのように背景を切り取っていますか？

お答えよろしくお願いします。