試してみましたが問題なく移動できました。

・レイヤー２に壁を作る
・テストプレイで壁は通れないことを確認
・レイヤー２の壁を消す
・テストプレイで壁を消したところは普通に歩けることを確認

Windows10 Home 64bit Steam版

この部分をコンソールから実行した場合はどうなりますか？（変数部分は文字列などに置き換えて）

Object.keys($gameSelfSwitches._data)

これでセルフスイッチに保存されているキーの一覧が取得できるので
マップデータをわざわざ読み込む必要はないと思います。

Scene_Mapに直接スプライト追加してるのがよくないですね。
Spriteset_Mapに追加するようにすればウインドウのほうが上になるので
↓の赤枠の箇所のように修正したら良いと思います。

なんか面白そうだったので便乗して別解を提案してみます。
「$gameVariables.value()」を1回だけ書くやり方。

■提案１：「4桁目」の数字を取得

+String($gameVariables.value(1)).slice(-4)[0]

※マイナス値で指定している点に注意

■提案２：「1000の位」の数字を取得

Math.floor($gameVariables.value(1) / 1000 % 10)

※「% 10」は取得する位置に関係なくそのままで

複数の条件が指定された場合というのは異なるタグ（AS○○）の条件が複数指定された場合の話で、
同じタグを複数指定すると最後のタグしか有効になりません。
これはプラグインの問題ではなくツクールMVのメモ欄の仕様です。
複数のスイッチを条件にしたいなら、AS計算式を使って

<AS計算式:$gameSwitches.value(10) && $gameSwitches.value(11)>

とするのが良いんじゃないでしょうか。
すでにAS計算式を使われているならその式と組み合わせる必要があります。
（先述の通り、AS計算式を複数指定するのはダメです。）

プラグインのご利用ありがとうございます。 調べてみました。 NobleMashroomの「表示速度変数」とSkipAlreadyReadMessageの「既読フラグ保存用変数ID」が被るとそのエラーになるようです。 NobleMashroomの表示速度変数は初期値が0（なし）なのですが、どうやら内部で変数#0001にされているようで SkipAlreadyReadMessageの既読フラグ保存用変数IDの初期設定である変数#0001と被ってしまうようです。 対処方法としては ・NobleMashroomの表示速度変数を0（なし）以外でSkipAlreadyReadMessageの既読フラグ保存...

F8キー、またはF12キーを押して「Developer Tools」画面を表示し、
Consoleで「SceneManager.push(Scene_Debug)」と入力してEnterキー
これでデバッグ画面が表示されます。

本来出るはずのない場所で無理やり呼び出しますので動作の保証はしません。
また、選択肢表示中にこれをやるとデバッグ画面を閉じたときにエラーになりますのでご注意ください。
　

VSCodeからデバッグ実行した状態で「ゲーム画面側」でF12を押して開発者ツール画面は出ますか？
もし出るなら、その画面からDisable async stack tracesを確認してOFFになってるならONにしてみてください。
（↑は思いつきで語っています。実際に確認したわけではなく見当違いかもしれません。ご了承下さい。）

参考まで。
https://tm.lucky-duet.com/viewtopic.php?f=23&t=7846