初めまして。
公開していたゲームで全く同じご報告いただいたのでお役に立てれば。

つい最近公開されたv0.33以降だと、一部環境でゲームパッドが使用できなくなるようです。
なのでPrevious releasesからv0.32.3かv0.32.4をダウンロードして差し替えれば、ゲームパッドを使用できます。
v0.32.3は動作確認済みですが、v0.32.4も大丈夫ではないかと。

あとこちらはプラグインの関係だと思いますが、v0.32ではなにもなかったのに、v0.33だと一部テキストが表示されない不具合も出てしまったので、v0.33はnw.js側の更新を見てから差し替えた方がよいかもしれないです。